都指挥使司设正二品都指挥使1人，从二品都指挥同知2人，正三品都指挥佥事4人。这些高级军官都不世袭，由朝廷从世袭军官中升任或从武举人中任命。
都指挥使及同知、佥事，以其中一人统领司事，称为掌印；一人负责练兵，一人负责屯田，称为佥书，有的则分管巡捕、军器、漕运、京操、备御等事务。
其下属有经历司正六品经历、正七品都事，断事司正六品断事、正七品副断事以及吏目等。
都司下设卫指挥使司、千户所、百户所。
卫指挥使司设置正三品卫指挥使、从三品指挥同知、正四品指挥佥事、从五品卫镇抚，其下属有从七品经历、正八品知事、从九品吏目、仓大使、副使等。
千户所设置正五品正千户、从五品副千户、从六品所镇抚，其下属为吏目。百户所设置正六品百户以及总旗、小旗。卫指挥使以
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